בימי התענית, מוסיפים בתפילה כמה קטעים של בקשות ותחנונים. בתפילת עמידה בברכת "שומע תפילה", אומרים "עננו ה' עננו ביום צום תעניתנו וכו'"1. זאת משום שברכת "שומע תפילה" היא ברכה כללית שאפשר להוסיף בה תפילות שונות, וכן סיומה של ברכה זו - "ברוך אתה ה' שומע תפילה", מתאים לתפילת "עננו", שמבקשים בה שתפילותינו תתקבלנה2.
יוצאי ספרד אומרים "עננו" בתפילת שחרית ובתפילת מנחה3, ויוצאי אשכנז אומרים "עננו" רק בתפילת מנחה, מחשש שמא במשך היום יצטרך האדם לאכול, ויתברר למפרע שמה שאמר בתפילת שחרית "ביום צום תעניתנו", לא היה נכון. בתפילת מנחה אין חוששים לזה, כיוון שאפילו אם יזדקק לאכול אחרי תפילת מנחה, הרי התענה עד חצות, ותענית עד חצות יכולה להיקרא צום4.
אמנם גם למנהג יוצאי אשכנז, שליח הציבור אומר "עננו" בחזרת הש"ץ כבר בתפילת שחרית, כיוון שאף אם הוא יזדקק לאכול, תפילתו היא תפילת הציבור, ואין חוששים שכל הציבור יזדקק לאכול במשך התענית5. בדבר נוסף שונה דינו של שליח הציבור מדין היחיד: בכך שהוא אומר את תפילת "עננו" בחזרת הש"ץ כברכה בפני עצמה אחרי ברכת "גואל ישראל", ולא כמו היחיד, שאומר "עננו" בברכת "שומע תפילה"6. הטעם לכך הוא שחכמים לא רצו להוסיף בתפילת היחיד ברכה, ולשנות את מספר הברכות שתיקנו אנשי כנסת הגדולה, שכן היו לאנשי כנסת הגדולה בזה כוונות עליונות. רק בתפילת הציבור, שאיננה התפילה הבסיסית, הוסיפו חכמים עוד ברכה וחרגו ממספר הברכות שתיקנו אנשי כנסת הגדולה. תפילת הציבור היא גם תפילה חשובה יותר, ולכן ראוי להוסיף בה ברכה7. הטעם לכך שהסמיכו את תפילת "עננו" לברכת "גואל ישראל" בתפילת הציבור הוא שבספר תהלים, הפסוק "ה' צוּרִי וְגֹאֲלִי" סמוך לפסוק "יַעַנְךָ ה' בְּיוֹם צָרָה", ובתפילת "עננו" אנו מתפללים להיוושע מהצרות שאנו מצויים בהן8.
אדם שאינו מתענה כגון חולה, לא יאמר "עננו"9, כיוון שתפילת "עננו" היא תפילה מיוחדת לימי תענית, ויום זה אינו יום תענית עבורו10. וכן שליח ציבור לא יאמר את ברכת "עננו" בחזרת הש"ץ כאשר אין בציבור לפחות שישה אנשים שמתענים11, אלא יאמר "עננו" ב"שומע תפילה"12.
בתפילת שחרית אומרים סליחות לאחר חזרת הש"ץ1, משום שהתענית נועדה לתשובה2, ויוצאי אשכנז אומרים גם "אבינו מלכנו"3. לאחר מכן אומרים תחנון, קוראים בתורה את פרשת "וַיְחַל מֹשֶׁה"4, שיש בה את תפילת משה רבנו על עם ישראל לאחר חטא העגל, ומוזכרים בה גם שלוש-עשרה מידות הרחמים של ה', וממשיכים בתפילה כרגיל.
קריאת התורה בתענית תוקנה למתענים, לכן צריך שיהיו בציבור המתפללים לפחות שישה אנשים שמתענים כדי שניתן יהיה לקרוא בתורה5, ויש להעלות לתורה רק אנשים שמתענים6. כאשר אין בציבור המתפללים שישה מתענים, והתענית חלה ביום שני או ביום חמישי, יש לקרוא בתפילת שחרית את הקריאה הרגילה שרגילים לקרוא בימי שני וחמישי7.
בתפילת מנחה קוראים בתורה שוב את פרשת "וַיְחַל מֹשֶׁה", ויוצאי אשכנז קוראים גם את הפטרת "דִּרְשׁוּ ה' בְּהִמָּצְאוֹ"8, העוסקת בענייני תשובה, כדי לעורר את הציבור לשוב בתשובה9.
כאשר מתפללים תפילת מנחה סמוך לשקיעה, הכהנים אומרים בחזרת הש"ץ ברכת כהנים. הטעם לכך הוא שמעיקר הדין, ראוי היה לומר ברכת כהנים בתפילת מנחה בכל ימות השנה; אלא שאין נוהגים כן, משום שכהן ששתה יין אינו רשאי לישא את כפיו, וחכמים חששו שהכהנים לא יתנו דעתם לכך ויאמרו את ברכת כהנים לאחר שתיית יין. אך בתענית ציבור חשש זה אינו קיים, ולכן ניתן לומר ברכת כהנים במנחה1.
הטעם לכך שדין זה נאמר רק בתפילת מנחה הסמוכה לשקיעה הוא חששם של חכמים שאנשים יטעו, ומכך שאומרים ברכת כהנים במנחה בתענית הם ילמדו שניתן לומר ברכת כהנים גם ביום רגיל, ולכן גזרו שלא לומר ברכת כהנים בתענית בתפילת מנחה הדומה לתפילת מנחה הנאמרת בכל השנה. בזמן חז"ל נהגו להתפלל מנחה בשעה מוקדמת בכל ימות השנה, ולכן הם קבעו כי בתפילת מנחה בשעה מוקדמת בתענית, אין אומרים ברכת כהנים, אך בתפילת מנחה הסמוכה לשקיעה בתענית, אומרים ברכת כהנים, שכן היא אינה דומה לתפילת מנחה הנאמרת בכל ימות השנה, אלא לתפילת נעילה שדרך לאומרה סמוך לשקיעה2.
בימינו השתנו הרגלי זמן התפילה, ורבים מתפללים מנחה סמוך לשקיעה בכל ימות השנה, אך תקנת חכמים לומר ברכת כהנים רק במנחה הסמוכה לשקיעה נשארת בתוקפה3.
למנהג יוצאי אשכנז, תפילת מנחה הנאמרת בזמן 'מנחה קטנה' (שעתיים וחצי זמניות לפני צאת הכוכבים) היא תפילה הסמוכה לשקיעה, ואומרים בה ברכת כהנים4. ולמנהג יוצאי ספרד, רק תפילה הנאמרת בחצי השעה הסמוכה לשקיעה היא תפילה הסמוכה לשקיעה, ורק בה אומרים ברכת כהנים5.
בספר זכריה נאמר כי בימות המשיח יתבטלו ארבעת הצומות, ולא עוד אלא שהם ייהפכו לימים טובים ולימי ששון ושמחה: "צוֹם הָרְבִיעִי וְצוֹם הַחֲמִישִׁי וְצוֹם הַשְּׁבִיעִי וְצוֹם הָעֲשִׂירִי יִהְיֶה לְבֵית יְהוּדָה לְשָׂשׂוֹן וּלְשִׂמְחָה וּלְמֹעֲדִים טוֹבִים"1. צום הרביעי הוא י"ז בתמוז, החל בחודש הרביעי למניין החודשים מניסן; צום החמישי הוא תשעה באב, צום השביעי הוא צום גדליה, וצום העשירי הוא עשרה בטבת. אפשר להבין את דברי זכריה בדבר ביטולם של הצומות הללו, כי כיוון שסיבת הצום תתבטל בעתיד והמקדש ייבנה, יתבטל גם הצום עצמו. אך קשה יותר להבין מדוע יהפכו דווקא ימים אלו לימי ששון ושמחה?
תשובה לכך אפשר למצוא בדברי החת"ם סופר, המבאר כי עצם ההתעוררות של ישראל לאבלות על חורבן המקדש בימים אלו, בבכי, בתפילה, בצום ובתענית - היא עצמה נחמה ושמחה גדולה מאוד2. אילו היה המקדש כמת שאין לו תקומה חלילה - היה זכרונו נמחה מליבנו, ולא היינו מתעוררים לבקשו אף אחר מאות ואלפי שנים של חורבן. אך כיוון שהמקדש עתיד להיבנות, חי זיכרונו גם בליבנו, ואנו צמים ומבקשים את תיקונו. אם כן, האמונה כי עתיד המקדש להיבנות, ותחושת החיסרון העצום שבהיעדרו - הן שגורמות לנו לפעול לבניינו: אילו היינו מתייאשים חלילה מבניינו, לא היינו צמים ועושים תשובה ומתאמצים לתקן את הדרוש תיקון; ואם חסרונו של המקדש לא היה מעורר צער בליבנו חלילה, ולא היינו מתאבלים על חורבנו, לא היינו מוצאים בקרבנו את הכוחות לפעול לבניינו. נמצא כי הערובה לבניין המקדש היא דווקא ימי הצומות הללו - דווקא בזיכרון המקדש, בצום, בבכי ובאבל על חורבנו טמונה תקוות הגאולה והנחמה. דווקא ימים אלו הם שיביאו לגאולה ולישועה, ולכן עתידים הם להיהפך לימים טובים ולימי שמחה.