בתפילת שחרית אומרים סליחות לאחר חזרת הש"ץ1, משום שהתענית נועדה לתשובה2, ויוצאי אשכנז אומרים גם "אבינו מלכנו"3. לאחר מכן אומרים תחנון, קוראים בתורה את פרשת "וַיְחַל מֹשֶׁה"4, שיש בה את תפילת משה רבנו על עם ישראל לאחר חטא העגל, ומוזכרים בה גם שלוש-עשרה מידות הרחמים של ה', וממשיכים בתפילה כרגיל.
קריאת התורה בתענית תוקנה למתענים, לכן צריך שיהיו בציבור המתפללים לפחות שישה אנשים שמתענים כדי שניתן יהיה לקרוא בתורה5, ויש להעלות לתורה רק אנשים שמתענים6. כאשר אין בציבור המתפללים שישה מתענים, והתענית חלה ביום שני או ביום חמישי, יש לקרוא בתפילת שחרית את הקריאה הרגילה שרגילים לקרוא בימי שני וחמישי7.
בתפילת מנחה קוראים בתורה שוב את פרשת "וַיְחַל מֹשֶׁה", ויוצאי אשכנז קוראים גם את הפטרת "דִּרְשׁוּ ה' בְּהִמָּצְאוֹ"8, העוסקת בענייני תשובה, כדי לעורר את הציבור לשוב בתשובה9.